Soutenance de thèse d’université de Youssef ARNAOUT, doctorant dans l’unité USC 1233-INRAe Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations (RS2GP), intitulée :

« Étude du rôle réservoir des chauves-souris dans la transmission des micro-organismes pathogènes pour l’Homme et l’animal en France ».

 Co-dirigée par :

Zorée DJELOUADJI, Professeure en Microbiologie Médicale, RS2GP, VetAgro Sup, Directrice de thèse,

Evelyne PICARD-MEYER, Chargée de recherche ANSES, Laboratoire de la Rage et de la Faune Sauvage, ANSES de Nancy, co-directrice de thèse.

 La soutenance se déroulera le mardi 6 septembre 2022 à 14h en Amphi I, campus vétérinaire de VetAgro Sup, à Marcy l’Etoile.

Résumé :

Les animaux de la faune sauvage sont une source de divers micro-organismes pathogènes pour les animaux domestiques et l’Homme. La transmission des micro-organismes peut survenir lors de contact direct ou indirect avec la faune sauvage, engendrant des problématiques importantes comme ce fut le cas avec la pandémie de la COVID-19 impliquant les chauves-souris et d’autres animaux sauvages. Avec plus de 1400 espèces recensées dans le monde, les chauves-souris représentent le second plus grand ordre des mammifères après les rongeurs en nombres d’espèces. Aujourd’hui, le rôle des chauves-souris dans la transmission des maladies infectieuses à l’Homme et l’animal reste mal connu et peu étudié, notamment en France. L’hypothèse avancée serait que les chauves-souris pourraient jouer un rôle crucial dans le maintien et la transmission des micro-organismes pathogènes soit directement par contact avec des espèces sensibles, soit indirectement par dissémination de particules dans l’environnement.
Une grande majorité de ces micro-organismes sont des virus, notamment le virus de Marburg, Hendra, Nipah ou les Lyssavirus, dont certaines espèces de chauves-souris constituent ainsi le réservoir naturel, mais également des bactéries pathogènes zoonotiques.
Dans le cadre de ce travail de thèse, nous nous sommes intéressés à la présence de certains micro-organismes pathogènes dont les coronavirus, les rotavirus, le virus de la maladie de Carré, les lyssavirus ainsi qu’aux bactéries comme les leptospires. En vue d’investiguer la présence des pathogènes cibles chez les populations de chauves-souris autochtones, une identification précise des espèces semble importante (association-espèce-micro-organismes), et permettrait de disposer de données pour estimer le risque sanitaire que peuvent représenter les chauves-souris.
Dans ce contexte, une première étude a été réalisée, portant sur la comparaison d’une méthode moléculaire permettant l’identification génétique des espèces de chauves-souris par rapport à l’identification morphologique réalisée par les naturalistes. La méthode d’identification génétique des espèces a été mise au point pour amplifier partiellement le gène d’ADN mitochondrial le cytochrome b (cyt b).
Ensuite, une deuxième partie de ce travail a été consacrée au développement et à la mise au point des méthodes de détection de diverses cibles pathogènes, et ce à partir de plusieurs matrices biologiques (les écouvillons oropharyngés, l’urine, les reins et les poumons).
L’originalité de ce travail de thèse était de rechercher les divers pathogènes cibles dans plusieurs types de matrices biologiques de chauves-souris dont notamment le guano, qui constitue une méthode d’échantillonnage non invasif.
Lors de la détection de pathogène, une des problématiques rencontrées était la présence des inhibiteurs de la réaction de PCR dans les différents types de matrice biologique. Une vérification en amont de l’absence de tout inhibiteur de PCR dans chaque échantillon semblait alors nécessaire. Ce travail a été accompli par l’amplification du gène ubiquitaire de la -actine. Nous avons mis en évidence une fréquence allant de 5 à 60 % d’échantillons biologiques non exploitables et donc pouvant générer des résultats faussement négatifs. L’exploitabilité des
échantillons biologiques est donc une étape nécessaire pouvant avoir des impacts non négligeables au niveau des analyses moléculaires et épidémiologiques.
L’étude exploratoire a montré pour la première fois en France la présence de l’ADN de leptospires chez des espèces de chauves-souris : Myotis myotis et Myotis daubentonii. L’analyse des séquences 16 S ARNr des échantillons positifs a mis en évidence l’espèce Leptospira borgpetersenii.
La présence de l’Alphacoronavirus et rotavirus ont été également mis en évidence chez les espèces suivantes : Myotis emarginatus et Rhinolophus ferrumequinum, en plus de Barbastella barbastellus seulement pour rotavirus. Enfin, une variation temporelle de la détection de l’Alphacoronavirus a été mise en évidence.
Ces résultats constituent une première base de l’étude exploratoire sur le rôle réservoir des chauves-souris en France, en vue d’identifier les sources de contamination, et in fine avoir les éléments nécessaires à une évaluation du risque sanitaire pour l’Homme et l’animal.

Mots clés :
Chauves-souris, guano, β-actine, Alphacoronavirus, rotavirus, maladie de Carré, lyssavirus et leptospires

Devant le jury composé de :

 LE GOUIL Mériadeg, Maître de conférences-praticien hospitalier, Université de Caen (Rapporteur),

• RUVOEN Nathalie, Professeur en Pathologie Infectieuse, Oniris, (Rapporteur),
• ZIENTARA Stephan, Inspecteur général de santé publique vétérinaire, ENVA, (Rapporteur),
• VALAT Charlotte, Chargée de recherche ANSES, Lyon, (Examinatrice),
• LINA Bruno, Professeur des universités-praticien hospitalier, CHU-Lyon, (Examinateur),
• DJELOUADJI Zorée, Professeure en Microbiologie, VetAgro Sup, (Directrice de thèse),
• PICARD-MEYER Evelyne, Chargée de recherche ANSES, Nancy, (Co-directrice de thèse),
• Élodie MONCHATRE-LEROY, Directrice de recherche ANSES, Nancy, (Membre invité),

Virginie LATTARD, Directrice de recherche INRAE, VetAgro Sup, (Membre Invité).