CONTACTS
Demandes de renseignements
Marion BOUVIER CROZER | 04 78 87 39 48
Responsable du laboratoire
Delphine SERGENTET | 04 78 87 25 99
Missions du pôle R&D du LMAP/LNR STEC
Le laboratoire est spécialisé dans l’étude des bactéries pathogènes rencontrées dans les aliments et plus particulièrement sur les STEC.
Evaluation des performances des méthodes
Pour évaluer les performances des méthodes de détection des STEC dans les aliments, nous mettons au point des protocoles dans le but de tester la spécificité et la sensibilité des techniques appliquées. Plus précisément, nous pouvons évaluer la spécificité du protocole sur souches pures ; mais aussi la sensibilité en inoculant artificiellement des aliments avec différentes concentrations de bactéries cibles. De plus, nous sommes en capacité de réaliser des contaminations artificielles des aliments afin mimer les contaminations naturelles des aliments.
Mise au point et amélioration des méthodes de détection
Nous mettons notre expertise scientifique et technique au service de nos partenaires (privés ou publiques) afin de les aider lors de la mise au point et de l’amélioration de leur méthode pour la détection des STEC dans les aliments. Nos partenaires peuvent être des industriels de la filières agro-alimentaires, des instituts techniques, des instances gouvernementales, ou encore des industriels fournisseurs de kits.
Participe à la normalisation des méthodes de détection des bactéries dans les aliments
Le LNR prend part aux travaux de normalisation en microbiologie de la chaine alimentaire. Dans ce cadre, nous participons au études inter laboratoire lors des accréditations Microval® ou AFNOR.
- 2019 : Etude pour la validation EN ISO 16140 de la méthode GeneDisc® plate STEC pour la détection des E. coli producteurs de shiga toxine
- 2019 : Etude pour la validation EN ISO 16140 de la méthode Gene-UP® pour la détection des E. coli producteurs de shiga toxine
- 2016 : Etude de validation de la méthode assurance GDS® pour E. coli O157 :H7 tq détection
- 2016 Etude comparative pour la validation de la méthode Gene-UP® pour la recherche des Listéria SPP
- 2016 : Etude comparative pour la validation de la méthode Gene-UP® pour la recherche des E. coli O157 :H7
- 2010 Validation ISO 16140 de la méthode BAX® Real time E. coli O157 :H7
- 2009 Etude comparative pour la validation de la méthode VIDAS LMX® pour la recherche des Listéria monocytogenes
Généralités sur la détection des STEC dans les aliments
L’enrichissement
L’’enrichissement est une étape importante en microbiologie alimentaire. En effet, la plupart des méthodes de détection utilisées à l’heure actuelle nécessitent une étape d’enrichissement, étant donné les faibles niveaux de contamination retrouvés dans les échantillons environnementaux ou alimentaire. La faible quantité et le faible ratio des STEC par rapport aux autres bactéries dans les produits alimentaires exigent par conséquent une phase d’enrichissement optimale de manière à éviter les faux résultats positifs. L’objectif de l’étape d’enrichissement est de permettre la croissance des STEC au-delà du seuil permettant leur détection, tout en défavorisant au maximum le développement de la microflore annexe. L’étape d’enrichissement consiste à prélever une quantité donnée d’aliment, on parle alors de prise d’essai. A cette prise d’essai est ajouté un bouillon d’enrichissement. Ce mélange est ensuite incubé à la température optimum de croissance des bactéries cibles pendant une certaine durée. La température et le temps d’incubation varient en fonction de la bactérie recherchée.
La détection
Les méthodes traditionnelles standardisées de détection des bactéries pathogènes reposent sur des protocoles compliqués. Ces méthodes présentent l’avantage d’avoir des taux de détection très bas et de pouvoir être utilisées sur des matrices complexes. Cependant leurs applications sont longues et fastidieuses. Des protocoles plus rapides remplaçant les étapes d’isolement et parfois d’indentification de la bactérie sur géloses ont vu le jour. Ces nouvelles méthodes reposent sur des techniques dites immunologiques (test au latex, méthode ELISA…) ou génétiques basées sur l’amplification des séquences spécifiques d’ADN (PCR, RT-PCR…). Actuellement, il existe un grand nombre de méthodes alternatives validées par différentes autorités pour la recherche des STEC.
- Les tests immunologiques
Les tests immunologiques sont basés sur l’utilisation d’anticorps ou de protéines de phage spécifique des STEC. Ils peuvent être automatisés ou manuels. La révélation peut se faire grâce à des anticorps conjugués.
- Les tests génétiques
Les tests génétiques sont composés d’une étape supplémentaire par rapport aux tests immunologiques. En effet, ces tests sont basés sur l’amplification de l’ADN bactérien. En conséquence, avant amplification, une étape de préparation des acides nucléiques est essentielle.
L’isolement des STEC après une suspicion
L’ensemble des méthodes citées précédemment permettent seulement de donner un résultat présomptif sur présence de STEC dans la prise d’essai analysée. Après un résultat positif que ce soit avec une méthode immunologique ou encore génétique, il est toujours obligatoire de réaliser une confirmation de ce résultat. Cette étape de confirmation passe entre autres par l’isolement et l’identification de la bactérie cible recherchée (sérogroupe, flagelles, présence des facteurs de virulence…). Il est possible de réaliser un étalement à l’aide d’une oese sur des milieux gélosés. Mais, il est conseillé de réaliser en parallèle une Immuno Séparation Magnétique dite IMS. Cette technique permet de rechercher (et d’isoler) les E. coli appartenant aux 5 sérogroupes soumis à mesures de gestion par les autorités. Cette technique peut être automatisée ou manuelle. Le produit d’immuno-concentra est ensuite déposé sur des géloses sélectives ou non afin de permettre l’identification et la caractérisation des STEC (Recherche du sérogroupe, du flagelle et des facteurs de virulence eae et stx). Il existe des méthodes alternatives validées par différentes autorités pour la recherche des STEC.
